栏目分类
第四色影院 7款物种分类（进化树地位）信息检索用具使用才智
发布日期：2024-10-12 08:59 点击次数：104
谈到物种进化第四色影院，寰球王人会猜测达尔文的《物种发源》吧！书中的“适者生存，适者生活”是追念出的深入当然礼貌。对于物种发源有几个趣味的发散的问题留给寰球去念念考：东说念主类咫尺是否还在进化？生命进化的主见是什么？
这里我先容几款好用的物种进化树地位信息检索用具，在生信分析的说念路上给了我很大的匡助！但愿它们雷同能帮到寰球！
01.Lifemap
Lifemap是隶属于NCBI（National Center of Biotechnology Information）的物种进化树信息检索在线网站。它不错交互式的探索NCBI Taxonomy数据库的通盘物种进化分类信息。
Lifemap中使用的看法近似于Google Maps©或Open Street Maps等用具在制图中使用的看法：通过缩放和平移来进行探索。通盘物种分类信息检索经由就像使用百度或谷歌舆图在查找某个地址一样，交互感很强！妄言未几说，径直上动图来展示：
Lifemap物种分类树的每个节点王人是不错点击的（不错进行交互的），当你点击某个节点时它会展示各式信息和选项：
（1）物种称呼（以及关连的通用称呼，若是有的话）
（2）物种分类排序（kingdom, family, class, species...）
（3）大要转到NCBI网站上的相应节点/种类（在新窗口中表现）
（4）不错取得从刻下节点/顶端（进化树终局）到树根的通盘进化谱系
Lifemap网站由在法国里昂的生物特征和进化生物学现实室（LBBE）责任的谈判员Damien M. de Vienne（网页）撰写。Lifemap网站界面好意思不雅，大方，勤俭，颜值衰败高。刻下树包含NCBI分类法中存在的通盘物种，需要顾惜的是它会在每个星期六自动更新数据，是以尽量幸免在周六使用。
Lifemap网址 -ncbi.univ-lyon1.fr/
讲了这样多，那么具体咱们若何快速使用Lifemap进行物种进化树地位信息检索呢，请往下看：
第一步，通过浏览器干预Lifemap在线网站
-ncbi.univ-lyon1.fr/
第二步，在物种输入框输入物种的英文称呼或者拉丁学名
我用捻转血茅线虫Haemonchus contortus测试，捻转血茅线虫又称捻转胃虫，俗称麻花虫，分类属圆形亚目，毛圆形科，血矛属。寄生在反刍兽胃内，列国基本王人有散布。
找到了捻转血茅线虫Haemonchus contortus的生命进化树的位置，它属于血矛线虫属Haemonchus，与它归并个属的物种有好多：
第三步，点击黄色的标记，弹出Haemonchus contortus的物种信息。
不错跳转到NCBI Taxonomy数据库中，不错看到对于该物种更扫视的信息。
第四步，点击View full ancestry（通盘祖宗）按钮，就不错找到“捻转血茅线虫”的竣工系统发生树了（竣工进化旅途），见下图：
02.ITIS（Integrated Taxonomic Information System）
ITIS（Integrated Taxonomic Information System），ITIS曾为《生命百科全书》（EOL）提供了分类学基础。ITIS的筹谋是创建一个易于走访、包含关连物种称呼偏激等第分类的可靠信息并依期进行审核的数据库，以确保ITIS对新形容的物种进行有用的分类，校正和添加，从而确保高质地。ITIS包括来自关连北好意思和宇宙各地的植物，动物，真菌和微生物的巨擘分类学信息，为物种分类提供了蹙迫的文件府上。ITIS官网网址：https://www.itis.gov/，网站界面如下所示
使用才智和平庸搜索引擎查找信息的才智一样，输入重要词到检索框，这里物种的学名（拉丁学名）或者俗称（英文称呼）等于“重要词”，咱们用Haemonchus contortus测试，发现莫得找到Haemonchus contortus的进化树信息，可能数据库中莫得收录该物种的分类学信息。
不应允，咱们再用东说念主（human，Homo sapiens）进行物种分类学信息检索，截止如下：
03.Tree of Life Web Project
生命之树Web技俩是由数百位内行和业余孝顺者共同汇编的关连生物种种性的信息的数据库。它的筹谋是在一个页面包含全面的信息，其中包含每个物种以及每个“还健在”物种的生物和“仍是归天”物种的图片，翰墨形容和其他信息。
该技俩在10,000多个万维网页面上提供关连生物种种性，不同生物群的特征偏激进化历史（系统发育）的信息。ToL技俩的结构从地球上通盘生命的根源启动，然后沿着分支扩散到单个物种，从而说明了通盘生物之间的遗传有计划，因此走访者不错浏览生命的端倪结构并了解系统发生和进化以及各个组的特征，从更广的维度去意识物种的进化地位。
官网网址：，界面见下图：
雷同用Haemonchus contortus测试，发现莫得找到，可能数据库中莫得收录
然后咱们再用物种：“东说念主”进行测试，见底下动图：
04.ITOL
ITOL（Interactive Tree of Life）互动生命之树是用于表现和主宰系统发生树的在线用具。它提供了其他的大大王人Tree放哨器功能，并提供了新颖的圆形树木布局，不错放心地可视化中型树木（最大王人千分支节点）.
虽然不错将Tree导出为几种图形骸式，包括位图和矢量。况且ITOL有几种事先打算好的物种系统发生树可供表现，包括Ciccarelli等东说念主在2006年形容的主要生命之树。除了事先打算的树除外，用户还不错使用ITOL数据库Upload功能来上传和表现我方的树结构和数据，不外在使用之前需要提前注册一下。
注册才智如下所示：
ITOL网站界面如下所示：
ITOL网址：https://itol.embl.de/
Tree of Life网址：https://itol.embl.de/itol.cgi
因为篇幅的原因，咱们用ITOL的事先构建的Tree of Life进期骗用才智的教育，见底下的动图：
05.iPhylo
这个站点提供了NCBI分类法和Wikipedia之间的映射，此数据库是动态构建的。iPhylo网址为：_Page
网站界面如下所示：
用才智如下：移动网页到页底，在左下角的输入框输入物种的英文称呼或拉丁学名，我用Haemonchus contortus进行测试。
然后，发现找到该物种的信息：
我选拔检索到的两个截止中的一个：NCBI 6289，得到如下物种信息。
06.NCBI Taxonomy Browser
还有等于大名鼎鼎的NCBI生物信息详尽数据库，虽然也不错径直在NCBI中进行物种分类信息的检索了，咱们使用斑马鱼（Danio rerio）进行测试，具体使用才智请看底下的动图：
07.Uniprot Taxonomy
终末一款检索用具为Uniprot Taxonomy数据库，咱们使用大鼠（Rattus norregicus），使用才智雷同见底下的动图：
赶走语
构建竣工的生命之树，一直是科研界追求的设想，然则迄今为止，地球上的新物种还在握住的被发现，尤其是真细菌Bacteria域，物种偏激丰富，物种数目远远培植Eukaryota域和古细菌Archaea域。然则跟着生命之树谈判的深入，通盘生命之树轮廓仍是迟缓明晰了起来。对于物种分类信息的用具虽然不啻于此，这里先容的几款咱们会每每用到的，背面咱们会延续汇集好的分析用具，整理成使用手册，先容给寰球。心爱的一又友点赞加转发哦！
易明学院推出R系列课程保底16节课 1）全系列课程软件包、用具、代码及课件一齐享有；
2）遍地随时恢复的VIP社群就业，讲课讲师挑升教唆及答疑；
5）不错为您开具电子发票。
课程预购请百度搜索易明学院即可走访
参考文件：
1.de Vienne DM (2016) Lifemap: Exploring the Entire Tree of Life. PLOS Biology14(12):e2001624. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.2001624"
2.Letunic I, Bork P. Interactive Tree Of Life (iTOL) v4: recent updates and new developments. Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W256-W259.
doi: 10.1093/nar/gkz239. PMID: 30931475; PMCID: PMC6602468.
3.Fryer, G. Phylogeny and adaptive radiation within the Anomopoda: a preliminary exploration. Hydrobiologia 307, 57–68 (1995). https://doi.org/10.1007/BF00031997.
猜你还想看更多使用用具
◆生信分析—文件处分心器：常被文件编排整奔溃？试试这款文件处分心器，让您的效果MAX
◆生信分析—数据库取得：如何快速从主流数据库中取得东说念主/小鼠数据？
◆生信分析—可视化处理用具：你不错更好意思一些：SnapGene Viewer软件序列可视化操作
◆云平台：条条正途通罗马，订制你我方的专属venn图！
◆云平台：奥利给~~代谢通路富集分析蓝本还不错这样作念？
◆云平台：颤抖！他花了3分钟就完成了我三个周的责任!
◆云平台：欧易/鹿明云 | 免费的聚类热图不试试吗？
◆生信分析：这个R包不太冷系列——GOplot（功能富集绘制）
◆生信分析：10行代码让你的关连性图貌好意思如花
◆生信分析：对话百年名画--著作绘制配色高档又简便！
◆生信分析：只需3分钟Get“代谢通路分析神器”
◆生信分析：玩转生信—火山图中“亿点细节”，你会打造吗？
色情网址◆生信分析：【指南】Cytoscape之stringAPP卵白互作分析详解
◆生信分析：【教程】组学谈判，用python快速杀青PCA分析和绘制
◆生信分析：组学谈判，R言语实用工夫—热图，运用pheatmap包简便易懂快速汇图才智来袭~
◆生信分析：【情东说念主节】R言语—小提琴图的放肆邂逅
END
著作起首于鹿明生物第四色影院
